Использовал очиститель ржавчины BBF «Латекс», не дорогое, но действенное средство. Наносишь, растираешь, ждёшь минут 10. Мелкие уйдут быстро, покрупнее можно пройтись ещё раз.
Потом надо помыть машину, а то средство оставляет матовый налёт, но он смывается.